De gemeente van IJsselmuiden is geïnstitueerd op 19 juli 1979 door ds. J. de Groot. Hij sprak deze avond over Gen. 26: 20-22. Voordien was er al een Vrije Hervormde Gemeente. Door de jaren heen hebben de volgende predikanten deze gemeente gediend: ds. J. Keller (1931-1945), ds. T. Wakker (1953-1959), ds. C. de Jonge sr. (1959-1970) en ds. A. Kot (1971-1979). Tijdens de ambtsperiode van ds. Kot deed de kerkenraad en predikant een verzoek aan de Gereformeerde Gemeenten in Nederland om in het kerkverband opgenomen te worden. Na het vertrek van ds. A. Kot naar de Oud Gereformeerde Gemeente te Rijssen-Bevervoorde, deed de kerkenraad dit verzoek opnieuw. In 1979 werd de gemeente opgenomen in het kerkverband. In 1982 trad de gemeente uit het verband en ging over naar de in 1980 ontstane buitenverbandgemeenten. Een gedeelte van de leden was het hier niet mee eens. Er ontstond een afdeling van Vriezenveen in IJsselmuiden, zodat er toch een Gereformeerde Gemeente in Nederland binnen verband bleef. In 1987 werd de gemeente weer zelfstandig. In 2010 werd de buitenverbandgemeente opgeheven. Verschillende leden sloten zich weer aan bij de binnenverbandgemeente. Vanwege de groei van de gemeente werd er in 2012 een nieuw kerkgebouw gebouwd aan de Trekvaart. Dit kerkgebouw werd in gebruik genomen op 27 juni 2012, in deze dienst ging consulent ds. J. Roos voor. Hij sprak over Gen. 28: 17b. “Dit is niet dan een huis Gods, en dit is de poort des hemels”.